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智峪生科荣获生物计算领域“奥运会”冠军

  在生物计算领域素有“奥运会”之称的2022年CASP赛事尘埃落定。近日,第15届国际蛋白质结构预测竞赛(CASP15)正式宣布,上海智峪生物科技有限公司(简称“智峪生科”)旗下AICHEMY-RNA2团队在RNA结构预测项目上斩获总排名第一名的成绩。另据了解,智峪生科另一只参赛团队AICHEMY-LIG也在蛋白质-小分子复合体预测项目取得了第二名的成绩。

  公开信息显示,培育出夺冠团队的智峪生科成立于2021年,汇聚了国内外知名学府及工业界的一线团队,致力于通过人工智能技术预测和设计蛋白、核酸等生物元件,为药物研发和合成生物学带来革命性突破。在智峪生科首席执行官王晟看来,生物信息技术领域方兴未艾,基于AI预测的蛋白质和RNA结构,让人类掌握了打开生物秘密大门的钥匙。通过基于已知数据挖掘未知领域、通过设计工具从无到有创造,相关预测结果更可以进一步应用于辅助药物研发或是合成生物学,推动医疗健康、农业、食品、消费、化工等行业发展,同时助力中国生物科技力量站上国际竞技舞台。

  从东半球第一到全球第一

  上一届的CASP竞赛上,人工智能AlphaFold2一举夺冠,解决了困扰众多科研人员半个世纪的蛋白质结构预测难题。在AlphaFold2宣布开源后,蛋白质结构预测问题已经基本得到解决,RNA结构预测成为新的重心,过去蛋白质结构预测的老牌玩家也都纷纷加入到RNA结构预测的领域之中。这也让本届CASP竞赛中,RNA结构预测奖项充满含金量。

  而这一最具含金量的“桂冠”,如今被来自中国的团队斩获。

  在此次夺冠之前,智峪生科核心算法团队也曾在王晟带领下,以tFold系列算法在上一届比赛CASP14上和AlphaFold2算法同台竞技,斩获了蛋白接触图预测这一细分项目的第一名。而在分量最重、也最受关注的3D结构预测比赛中,王晟带领的tFold团队在没有使用大量的基础序列数据库的情况下,仅以微弱劣势获得组别第四,也成为除欧美地区外,整个东半球排名第一的队伍。

  从东半球第一到全球第一,智峪生科一家企业的进步,也折射出中国生物科技力量的崛起。

  据介绍,基于在AI计算及蛋白质、RNA结构预测领域和蛋白质-小分子复合体预测以及生物大分子模拟方向积累的经验,目前智峪生科已正式推出了高通量、高精度、全生态、全流程生物计算平台——“峪云ZCloud”,以解决大分子结构计算、分子模拟、药物设计、酶工程、大分子设计等领域内计算问题。在“峪云ZCloud”平台的加持下,生物医药企业可以提前完成新药研发前的大分子相关研究工作,后续只用参照计算结果,即可顺畅完成药物发现的工作。

  仅从RNA结构预测出发,研究者就可以发掘崭新的用药靶点、揭示由RNA突变带来的疾病成因。“每一点突破,都有可能对现行的疾病治疗方案带来颠覆。”王晟指出。

  AI技术赋能中国生物科技未来

  上述方向仅仅揭开了蛋白质/RNA结构预测/蛋白质-小分子复合体预测后续应用的“冰山一角”。“我相信生物计算在整个生命科学产业中一定会大有所为。我们希望另辟蹊径,探索AI或者生物计算方法在合成生物学领域的潜力。”王晟表示。

  所谓合成生物学,多采用工程学“自下而上”的理念,从系统表征自然界具有催化调控等功能的生物大分子,使其成为标准化“元件”,进而创建“模块”、“线路”等全新生物部件与细胞“底盘”,最终构建出具备各类用途的人造生命系统。这也就决定了合成生物学需要依赖各类底层元件,比如催化元件、调控元件、感应元件和结构元件等。但当前,研究领域内可用元件十分匮乏,直接限制了合成生物学的想象空间。

  不同于过去利用有限的过往研究出来的已知元件去进行产品研发,在包括蛋白质结构预测、RNA结构预测、蛋白质-小分子复合体结构预测在内的AI技术加持下,智峪生科技术团队可以从千万甚至数亿的宏基因组中实现高精度的功能标注,进行新的功能元件挖掘;通过关键元件改造和设计,实现从无到有的元件设计技术拓展出近乎无限的元件库,根本性地解决选品难的问题。

  “就像用积木搭建房子,如果我们有一千块积木,那么搭建出来的房子样式、质量、方法、速度上会比只有十块积木更好。”在王晟看来,人工智能与合成生物学都能实现对已知事物的降本增效和对未知事物边界的不断探索。智峪生科也是全球范围内,少有的将 AI 和合成生物学进行深度融合的公司。

  “相信在未来,智峪生科可以通过AI技术进一步赋能合成生物学领域,并以此改善医学、能源、环境、消费等相关领域,为生物科技带来一场看得见的革命,也为中国生物科技事业成长贡献力量。”王晟表示。

(文章来源:中国证券报·中证网)

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